D'ERCHIA, ANNA MARIA
D'ERCHIA, ANNA MARIA
Istituto di Biomembrane, Bioenergetica e Biotecnologie Molecolari (IBIOM)
Identification of deregulated lncRNAs in Alzheimer’s disease: an integrated gene co-expression network analysis of hippocampus and fusiform gyrus RNA-seq datasets
2024 Filomena, Ermes; Picardi, Ernesto; Tullo, Apollonia; Pesole, Graziano; D'Erchia, Anna Maria
OPA1 mutation affects autophagy and triggers senescence in autosomal dominant optic atrophy plus fibroblasts
2024 Zanfardino, P.; Amati, A.; Doccini, S.; Cox, S. N.; Tullo, A.; Longo, G.; D'Erchia, A.; Picardi, E.; Nesti, C.; Santorelli, F. M.; Petruzzella, V.
Cyclic AMP induces reversible EPAC1 condensates that regulate histone transcription
2023 Felicia Iannucci, Liliana; D'Erchia, ANNA MARIA; Picardi, Ernesto; Bettio, Daniela; Conca, Filippo; Surdo, NICOLETTA CONCETTA; DI BENEDETTO, Giulietta; Musso, Deborah; Arrigoni, Cristina; Lolicato, Marco; Vismara, Mauro; Grisan, Francesca; Salviati, Leonardo; Milanesi, Luciano; Pesole, Graziano; Lefkimmiatis, Konstantinos
Natural and after colon washing fecal samples: the two sides of the coin for investigating the human gut microbiome
2022 Piancone, Elisabetta; Fosso, Bruno; Marzano, Marinella; De Robertis, Mariangela; Notario, Elisabetta; Oranger, Annarita; Manzari, Caterina; Bruno, Silvia; Visci, Grazia; Defazio, Giuseppe; D'Erchia, Anna Maria; Filomena, Ermes; Maio, Dominga; Minelli, Martina; Vergallo, Ilaria; Minelli, Mauro; Pesole, Graziano
Accurate detection and quantification of SARS-CoV-2 genomic and subgenomic mRNAs by ddPCR and meta-transcriptomics analysis
2021 Oranger, Annarita; Manzari, Caterina; Chiara, Matteo; Notario, Elisabetta; Fosso, Bruno; Parisi, Antonio; Bianco, Angelica; Iacobellis, Michela; D'Avenia, Morena; D'Erchia, Anna Maria; Pesole, Graziano
Next generation sequencing of SARS-CoV-2 genomes: Challenges, applications and opportunities
2021 Chiara, M.; D'Erchia, A. M.; Gissi, C.; Manzari, C.; Parisi, A.; Resta, N.; Zambelli, F.; Picardi, E.; Pavesi, G.; Horner, D. S.; Pesole, G.
VID22 counteracts G-quadruplex-induced genome instability
2021 Galati, E.; Bosio, M. C.; Novarina, D.; Chiara, M.; Bernini, G. M.; Mozzarelli, A. M.; Garcia-Rubio, M. L.; Gomez-Gonzalez, B.; Aguilera, A.; Carzaniga, T.; Todisco, M.; Bellini, T.; Nava, G. M.; Frige, G.; Sertic, S.; Horner, D. S.; Baryshnikova, A.; Manzari, C.; D'Erchia, A. M.; Pesole, G.; Brown, G. W.; Muzi-Falconi, M.; Lazzaro, F.
YAP contributes to DNA methylation remodeling upon mouse embryonic stem cell differentiation
2021 Passaro, Fabiana; De Martino, Ilaria; Zambelli, Federico; Di Benedetto, Giorgia; Barbato, Matteo; D'Erchia, ANNA MARIA; Manzari, Caterina; Pesole, Graziano; Mutarelli, Margherita; Cacchiarelli, Davide; Antonini, Dario; Parisi, Silvia; Russo, Tommaso
Accurate quantification of bacterial abundance in metagenomic DNAs accounting for variable DNA integrity levels
2020 Manzari, Caterina; Oranger, Annarita; Fosso, Bruno; Piancone, Elisabetta; Pesole, Graziano; D'Erchia, ANNA MARIA
VINYL: Variant prIoritizatioN by survivaL analysis
2020 Chiara, M.; Mandreoli, P.; Tangaro, M. A.; D'Erchia, A. M.; Sorrentino, S.; Forleo, C.; Horner, D. S.; Zambelli, F.; Pesole, G.
Enrichment of intestinal Lactobacillus by enhanced secretory IgA coating alters glucose homeostasis in P2rx7(-/-) mice
2019 Perruzza, Lisa; Strati, Francesco; Gargari, Giorgio; D'Erchia, ANNA MARIA; Fosso, Bruno; Pesole, Graziano; Guglielmetti, Simone; Grassi, Fabio
No metagenomic evidence of tumorigenic viruses in cancers from a selected cohort of immunosuppressed subjects
2019 Passaro, Nunzia; Casagrande, Andrea; Chiara, Matteo; Fosso, Bruno; Manzari, Caterina; D'Erchia, ANNA MARIA; Iesari, Samuele; Pisani, Francesco; Famulari, Antonio; Tulissi, Patrizia; Mastrosimone, Stefania; Cristina Maresca, Maria; Mercante, Giuseppe; Spriano, Giuseppe; Corrado, Giacomo; Vizza, Enrico; Rosa Garbuglia, Anna; Rosaria capobianchi, Maria; Mottini, Carla; Cenci, Alessandra; Tartaglia, Marco; Nanni costa, Alessandro; Pesole, Graziano; Crescenzi, Marco
T Follicular Helper Cells Promote a Beneficial Gut Ecosystem for Host Metabolic Homeostasis by Sensing Microbiota-Derived Extracellular ATP
2017 Perruzza, Lisa; Gargari, Giorgio; Proietti, Michele; Fosso, Bruno; D'Erchia, Anna Maria; Faliti, Caterina Elisa; RezzonicoJost, Tanja; Scribano, Daniela; Mauri, Laura; Colombo, Diego; Pellegrini, Giovanni; Moregola, Annalisa; Mooser, Catherine; Pesole, Graziano; Nicoletti, Mauro; Norata, Giuseppe Danilo; Geuking, Markus B.; McCoy, Kathy D.; Guglielmetti, Simone; Grassi, Fabio
CHARACTERIZATION OF THE EUKARYOTIC MICROBIOME BY 18S RRNA METABARCODING DATA ANALYSIS AND ASSESSMENT OF THE RELATIVE RESOLUTION OF V4 AND V9 REGIONS
2016 B. Fosso ; M. Santamaria ; C. Manzari ; C. Lionetti ; A. M. D'Erchia ; C. Gissi ; B. Balech ;G. Pesole
Profiling RNA editing in human tissues: towards the inosinome Atlas (vol 5, 14941, 2015)
2016 Picardi, Ernesto; Manzari, Caterina; Mastropasqua, Francesca; Aiello, Italia; D'Erchia, Anna Maria; Pesole, Graziano
BALB/c and C57BL/6 Mice Differ in Polyreactive IgA Abundance, which Impacts the Generation of Antigen-Specific IgA and Microbiota Diversity
2015 Fransen, Floris; Zagato, Elena; Mazzini, Elisa; Fosso, Bruno; Manzari, Caterina; El Aidy, Sahar; Chiavelli, Andrea; D'Erchia, Anna Maria; Sethi, Maya K.; Pabst, Oliver; Marzano, Marinella; Moretti, Silvia; Romani, Luigina; Penna, Giuseppe; Pesole, Graziano; Rescigno, Maria
Draft genome sequence of Acinetobacter sp neg1 capable of degrading ochratoxin A
2015 Fanelli, Francesca; Matteo, Chiara; Liuzzi Vania, C; Miriam, Haidukowski; Tristezza, Mariana; Manzari, Caterina; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano; Horner David, S; Giuseppina, Mule
SpliceAid-F: a database of human splicing factors and their RNA-binding sites
2013 Matteo Giulietti; Francesco Piva; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo;Daniele Paoletti; Tiziana Castrignano ; Anna Maria D'Erchia; Ernesto Picardi;Federico Zambelli; Giovanni Principato; Giulio Pavesi;Graziano Pesole;;
ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing
2011 Martelli, Pl; D'Antonio, M; Bonizzoni, P; Castrignanò, T; D'Erchia, Am; D'Onorio De Meo, P; Fariselli, P; Finelli, M; Licciulli, F; Mangiulli, M; Mignone, F; Pavesi, G; Picardi, E; Rizzi, R; Rossi, I; Valletti, A; Zauli, A; Zambelli, F; Casadio, R; Pesole, G
p53FamTaG: a database resource of human p53, p63 and p73 direct target genes combining in silico prediction and microarray data.
2007 Sbisà, E; Catalano, D; Grillo, G; Licciulli, F; Turi, A; Liuni, S; Pesole, G; De Grassi, A; Caratozzolo, Mf; D'Erchia, Am; Navarro, B; Tullo, A; Saccone, C; Gisel, A
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
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| Identification of deregulated lncRNAs in Alzheimer’s disease: an integrated gene co-expression network analysis of hippocampus and fusiform gyrus RNA-seq datasets | 1-gen-2024 | Filomena, Ermes; Picardi, Ernesto; Tullo, Apollonia; Pesole, Graziano; D'Erchia, Anna Maria | |
| OPA1 mutation affects autophagy and triggers senescence in autosomal dominant optic atrophy plus fibroblasts | 1-gen-2024 | Zanfardino, P.; Amati, A.; Doccini, S.; Cox, S. N.; Tullo, A.; Longo, G.; D'Erchia, A.; Picardi, E.; Nesti, C.; Santorelli, F. M.; Petruzzella, V. | |
| Cyclic AMP induces reversible EPAC1 condensates that regulate histone transcription | 1-gen-2023 | Felicia Iannucci, Liliana; D'Erchia, ANNA MARIA; Picardi, Ernesto; Bettio, Daniela; Conca, Filippo; Surdo, NICOLETTA CONCETTA; DI BENEDETTO, Giulietta; Musso, Deborah; Arrigoni, Cristina; Lolicato, Marco; Vismara, Mauro; Grisan, Francesca; Salviati, Leonardo; Milanesi, Luciano; Pesole, Graziano; Lefkimmiatis, Konstantinos | |
| Natural and after colon washing fecal samples: the two sides of the coin for investigating the human gut microbiome | 1-gen-2022 | Piancone, Elisabetta; Fosso, Bruno; Marzano, Marinella; De Robertis, Mariangela; Notario, Elisabetta; Oranger, Annarita; Manzari, Caterina; Bruno, Silvia; Visci, Grazia; Defazio, Giuseppe; D'Erchia, Anna Maria; Filomena, Ermes; Maio, Dominga; Minelli, Martina; Vergallo, Ilaria; Minelli, Mauro; Pesole, Graziano | |
| Accurate detection and quantification of SARS-CoV-2 genomic and subgenomic mRNAs by ddPCR and meta-transcriptomics analysis | 1-gen-2021 | Oranger, Annarita; Manzari, Caterina; Chiara, Matteo; Notario, Elisabetta; Fosso, Bruno; Parisi, Antonio; Bianco, Angelica; Iacobellis, Michela; D'Avenia, Morena; D'Erchia, Anna Maria; Pesole, Graziano | |
| Next generation sequencing of SARS-CoV-2 genomes: Challenges, applications and opportunities | 1-gen-2021 | Chiara, M.; D'Erchia, A. M.; Gissi, C.; Manzari, C.; Parisi, A.; Resta, N.; Zambelli, F.; Picardi, E.; Pavesi, G.; Horner, D. S.; Pesole, G. | |
| VID22 counteracts G-quadruplex-induced genome instability | 1-gen-2021 | Galati, E.; Bosio, M. C.; Novarina, D.; Chiara, M.; Bernini, G. M.; Mozzarelli, A. M.; Garcia-Rubio, M. L.; Gomez-Gonzalez, B.; Aguilera, A.; Carzaniga, T.; Todisco, M.; Bellini, T.; Nava, G. M.; Frige, G.; Sertic, S.; Horner, D. S.; Baryshnikova, A.; Manzari, C.; D'Erchia, A. M.; Pesole, G.; Brown, G. W.; Muzi-Falconi, M.; Lazzaro, F. | |
| YAP contributes to DNA methylation remodeling upon mouse embryonic stem cell differentiation | 1-gen-2021 | Passaro, Fabiana; De Martino, Ilaria; Zambelli, Federico; Di Benedetto, Giorgia; Barbato, Matteo; D'Erchia, ANNA MARIA; Manzari, Caterina; Pesole, Graziano; Mutarelli, Margherita; Cacchiarelli, Davide; Antonini, Dario; Parisi, Silvia; Russo, Tommaso | |
| Accurate quantification of bacterial abundance in metagenomic DNAs accounting for variable DNA integrity levels | 1-gen-2020 | Manzari, Caterina; Oranger, Annarita; Fosso, Bruno; Piancone, Elisabetta; Pesole, Graziano; D'Erchia, ANNA MARIA | |
| VINYL: Variant prIoritizatioN by survivaL analysis | 1-gen-2020 | Chiara, M.; Mandreoli, P.; Tangaro, M. A.; D'Erchia, A. M.; Sorrentino, S.; Forleo, C.; Horner, D. S.; Zambelli, F.; Pesole, G. | |
| Enrichment of intestinal Lactobacillus by enhanced secretory IgA coating alters glucose homeostasis in P2rx7(-/-) mice | 1-gen-2019 | Perruzza, Lisa; Strati, Francesco; Gargari, Giorgio; D'Erchia, ANNA MARIA; Fosso, Bruno; Pesole, Graziano; Guglielmetti, Simone; Grassi, Fabio | |
| No metagenomic evidence of tumorigenic viruses in cancers from a selected cohort of immunosuppressed subjects | 1-gen-2019 | Passaro, Nunzia; Casagrande, Andrea; Chiara, Matteo; Fosso, Bruno; Manzari, Caterina; D'Erchia, ANNA MARIA; Iesari, Samuele; Pisani, Francesco; Famulari, Antonio; Tulissi, Patrizia; Mastrosimone, Stefania; Cristina Maresca, Maria; Mercante, Giuseppe; Spriano, Giuseppe; Corrado, Giacomo; Vizza, Enrico; Rosa Garbuglia, Anna; Rosaria capobianchi, Maria; Mottini, Carla; Cenci, Alessandra; Tartaglia, Marco; Nanni costa, Alessandro; Pesole, Graziano; Crescenzi, Marco | |
| T Follicular Helper Cells Promote a Beneficial Gut Ecosystem for Host Metabolic Homeostasis by Sensing Microbiota-Derived Extracellular ATP | 1-gen-2017 | Perruzza, Lisa; Gargari, Giorgio; Proietti, Michele; Fosso, Bruno; D'Erchia, Anna Maria; Faliti, Caterina Elisa; RezzonicoJost, Tanja; Scribano, Daniela; Mauri, Laura; Colombo, Diego; Pellegrini, Giovanni; Moregola, Annalisa; Mooser, Catherine; Pesole, Graziano; Nicoletti, Mauro; Norata, Giuseppe Danilo; Geuking, Markus B.; McCoy, Kathy D.; Guglielmetti, Simone; Grassi, Fabio | |
| CHARACTERIZATION OF THE EUKARYOTIC MICROBIOME BY 18S RRNA METABARCODING DATA ANALYSIS AND ASSESSMENT OF THE RELATIVE RESOLUTION OF V4 AND V9 REGIONS | 1-gen-2016 | B. Fosso ; M. Santamaria ; C. Manzari ; C. Lionetti ; A. M. D'Erchia ; C. Gissi ; B. Balech ;G. Pesole | |
| Profiling RNA editing in human tissues: towards the inosinome Atlas (vol 5, 14941, 2015) | 1-gen-2016 | Picardi, Ernesto; Manzari, Caterina; Mastropasqua, Francesca; Aiello, Italia; D'Erchia, Anna Maria; Pesole, Graziano | |
| BALB/c and C57BL/6 Mice Differ in Polyreactive IgA Abundance, which Impacts the Generation of Antigen-Specific IgA and Microbiota Diversity | 1-gen-2015 | Fransen, Floris; Zagato, Elena; Mazzini, Elisa; Fosso, Bruno; Manzari, Caterina; El Aidy, Sahar; Chiavelli, Andrea; D'Erchia, Anna Maria; Sethi, Maya K.; Pabst, Oliver; Marzano, Marinella; Moretti, Silvia; Romani, Luigina; Penna, Giuseppe; Pesole, Graziano; Rescigno, Maria | |
| Draft genome sequence of Acinetobacter sp neg1 capable of degrading ochratoxin A | 1-gen-2015 | Fanelli, Francesca; Matteo, Chiara; Liuzzi Vania, C; Miriam, Haidukowski; Tristezza, Mariana; Manzari, Caterina; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano; Horner David, S; Giuseppina, Mule | |
| SpliceAid-F: a database of human splicing factors and their RNA-binding sites | 1-gen-2013 | Matteo Giulietti; Francesco Piva; Mattia D'Antonio; Paolo D'Onorio De Meo;Daniele Paoletti; Tiziana Castrignano ; Anna Maria D'Erchia; Ernesto Picardi;Federico Zambelli; Giovanni Principato; Giulio Pavesi;Graziano Pesole;; | |
| ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing | 1-gen-2011 | Martelli, Pl; D'Antonio, M; Bonizzoni, P; Castrignanò, T; D'Erchia, Am; D'Onorio De Meo, P; Fariselli, P; Finelli, M; Licciulli, F; Mangiulli, M; Mignone, F; Pavesi, G; Picardi, E; Rizzi, R; Rossi, I; Valletti, A; Zauli, A; Zambelli, F; Casadio, R; Pesole, G | |
| p53FamTaG: a database resource of human p53, p63 and p73 direct target genes combining in silico prediction and microarray data. | 1-gen-2007 | Sbisà, E; Catalano, D; Grillo, G; Licciulli, F; Turi, A; Liuni, S; Pesole, G; De Grassi, A; Caratozzolo, Mf; D'Erchia, Am; Navarro, B; Tullo, A; Saccone, C; Gisel, A |