MANUAL TÉCNICO DE HIBRIDIZAÇÃO FLUORESCENTE IN SITU PARA DETECÇÃO DE BACTÉRIAS EM AMOSTRAS DE SOLO

L'ibridazione in situ fluorescente (FISH) si basa sul legame specifico di una sonda di oligonucleotidica legata ad una molecola fluorescenti (fluorocromo) complementare ad una sequenza nota di RNA (o DNA) di un organismo di interesse, permettendo che le cellule microbiche siano visualizzate tramite microscopio a fluorescenza. Un vantaggio della tecnica FISH è che la quantificazione dei microrganismi avviene direttamente dopo la separazione delle cellule dal campione di terreno, senza coltivazione su terreni di coltura o estrazione del DNA e sua successiva amplificazione. La FISH può essere utilizzata per indagare la struttura e la diversità delle comunità microbica naturale del suolo, ma anche di acque superficiali, sotterranee e di altri habitat naturali. Questo manuale ha il suo focus sull'identificazione di batteri in campioni di suolo utilizzando sonde oligonucleotide che hanno come target l' rRNA (RNA ribosomiale). Il manuale è rivolto a studenti universitari di corsi di laurea che si interessano all'analisi del microbiota del suolo e della sua biodiversità.

Manuale tecnico per l'utilizzo del metodo di ibridazione in fluorescenza per l'identificazione di batteri nel suolo