1. Premessa Il progetto BioMemory, finanziato dal CNR-DiSBA e giunto al suo sesto mese di attività, prevede i seguenti obbiettivi per il primo anno: (1) l'aggiornamento della rete di biobanche BioGenRes (http:// biogenres.cnr.it) di campioni di specie animali, vegetali o microrganismi; (2) lo sviluppo di una piattaforma informatica per la consultazione dei dati delle differenti biobanche e la definizione dei criteri di fruizione dei singoli dati; (3) la replicazione (ringiovanimento) e la caratterizzazione molecolare, metabolica e fenotipica del materiale conservato nelle biobanche. La presente relazione illustra i risultati ottenuti nei primi sei mesi di attività del progetto. Al fine di ottimizzare lo svolgimento delle attività previste e di pervenire agli obbiettivi suddetti, sono stati creati fin dall'inizio tre Gruppi di Lavoro (GdL), rispettivamente: GdL "Conservazione" (vedi sezione 2), coordinato dal Dott. Giancarlo Perrone (CNR-ISPA, Bari); GdL "Caratterizzazione" (sezione 3), coordinato dalla Dott.ssa Giovanna Frugis (CNR-IBBA, Montelibretti, RM); GdL "Messa a rete" (Networking - vedi sezione 4), coordinato dal Dott. Gabriele Bucci (CNR-IBBR, Sesto Fiorentino, FI). Ciascun GdL è costituito dai responsabili di ciascuno dei nove Istituti affe - renti al CNR-DiSBA (IBBA, IBBR, IBE, IPSP, ISA, ISB, ISAFOM, ISPA, ISPAAM), incaricati dai rispettivi direttori, con il supporto di personale informatico-tecnologico di altri istituti (IRSA, IRCRES - vedi sezione 4). L'obiettivo (1) ha richiesto un iniziale censimento delle attuali collezioni presenti presso gli istituti del CNR-DiSBA, che è tuttora in fase di completamento e che sarà propedeutico alle attività di inventariazione/digitalizzazione delle collezioni. Rispetto al precedente censimento confluito nel progetto BioGenRes (166,239 accessioni in 42 collezioni da 10 istituti), i risultati preliminari del censimento BioMemory indicano un aumento del materiale biologico conservato, nonostante il minor numero di istituti coinvolti nel progetto (attese 180,000 accessioni circa da 54 collezioni di 9 istituti). Le attività svolte nell'ambito dell'obiettivo (2) hanno mirato soprattutto a: (i) valutare lo stato di digitalizzazione attuale delle biobanche/collezioni presenti nell'ambito CNR-DiSBA; (ii) predi- sporre le condizioni, le funzionalità e le strutture volte ad integrare le attività del presente progetto con le diverse iniziative nazionali ed internazionali nel settore delle reti infrastrutturali a carattere scientifico (ad es., ITINERIS, DiSSCo, PRO-GRACE, ecc.); (iii) realizzare una piattaforma infor- matica in grado di assicurare lo scambio dati in tempo reale con i maggiori aggregatori online di metadati sulla biodiversità (ad es., GBIF, EURISCO, ecc.). Le attività relative all'obiettivo (3) sono state mirate a raccogliere informazioni circa le compe- tenze presenti presso gli istituti coinvolti nel progetto e le metodologie d'indagine utilizzate sulle accessioni delle biobanche. Una prima analisi ha messo in evidenza un'elevata qualità della ricerca attualmente condotta sul materiale biologico conservato presso gli istituti del Dipartimento, i cui risultati confermano come le collezioni biologiche attualmente presenti presso la rete di istituti CNR-DiSBA siano una preziosa fonte di diversità genetica e funzionale. La caratterizzazione mole- 2/44 Progetto BioMemory/CNR-DiSBA - Relazione semestrale delle attività colare delle accessioni condotta per molte delle biobanche DiSBA è la necessaria premessa per la creazione di un esteso dataset genetico, genomico, biochimico, proteomico e metabolomico che verrà implementato nel corso dei successivi anni di progetto. Tra le attività di maggior rilievo svoltesi nel primo semestre del progetto ed in via di completa - mento durante il secondo semestre vi è la messa a punto e la condivisione di protocolli, strumenti, workflows e procedure utili alla gestione, al mantenimento e alla conservazione del materiale biolo- gico presente nelle collezioni/biobanche CNR-DiSBA. L'adozione di tali standard è fondamentale in vista dell'integrazione del network delle collezioni in un contesto di ricerca internazionale, dati gli elevati standard richiesti per la partecipazione a progetti e reti infrastrutturali, che attualmente non tutte le biobanche CNR possiedono. I primi sei mesi di attività del progetto BioMemory hanno inoltre permesso la creazione di un net- work di ricercatori e tecnici coinvolti nella gestione delle biobanche CNR (in totale 124 unità di per- sonale, al momento della redazione di questo documento, distribuite in tutta la penisola - vedi https://biomemory.cnr.it/browse/people) che costituiscono un patrimonio di expertise, competenze e conoscenze in grado di assicurare il successo del progetto ed il raggiungimento degli obiettivi previ- sti alla fine del triennio. A questo riguardo, le riunioni di progetto (che si sono svolte in modalità remota a causa delle restrizioni sanitarie in atto) hanno visto un'ampia partecipazione ed una fattiva collaborazione da parte di tutti i partecipanti (vedi sezione 2). Il materiale prodotto durante il primo semestre del presente progetto (inclusa la presente rela - zione) è disponibile online in parte sul sito web del progetto (https://biomemory.cnr.it) ed in parte presso un deposito elettronico remoto condiviso tra tutti i partecipanti al progetto stesso (https://bio- memory.cnr.it/nextcloud/index.php/s/2HALLP4fFNS8Dkb), presso cui è anche possibile visualiz- zare le registrazioni delle riunioni telematiche di coordinamento delle attività progettuali, in confor- mità con le vigenti disposizioni sulla privacy (GDPR - https://gdpr-info.eu/).
Progetto Biomemory/CNR-DiSBA - relazione I semestre
Gabriele Bucci;Massimo Ianigro
2022
Abstract
1. Premessa Il progetto BioMemory, finanziato dal CNR-DiSBA e giunto al suo sesto mese di attività, prevede i seguenti obbiettivi per il primo anno: (1) l'aggiornamento della rete di biobanche BioGenRes (http:// biogenres.cnr.it) di campioni di specie animali, vegetali o microrganismi; (2) lo sviluppo di una piattaforma informatica per la consultazione dei dati delle differenti biobanche e la definizione dei criteri di fruizione dei singoli dati; (3) la replicazione (ringiovanimento) e la caratterizzazione molecolare, metabolica e fenotipica del materiale conservato nelle biobanche. La presente relazione illustra i risultati ottenuti nei primi sei mesi di attività del progetto. Al fine di ottimizzare lo svolgimento delle attività previste e di pervenire agli obbiettivi suddetti, sono stati creati fin dall'inizio tre Gruppi di Lavoro (GdL), rispettivamente: GdL "Conservazione" (vedi sezione 2), coordinato dal Dott. Giancarlo Perrone (CNR-ISPA, Bari); GdL "Caratterizzazione" (sezione 3), coordinato dalla Dott.ssa Giovanna Frugis (CNR-IBBA, Montelibretti, RM); GdL "Messa a rete" (Networking - vedi sezione 4), coordinato dal Dott. Gabriele Bucci (CNR-IBBR, Sesto Fiorentino, FI). Ciascun GdL è costituito dai responsabili di ciascuno dei nove Istituti affe - renti al CNR-DiSBA (IBBA, IBBR, IBE, IPSP, ISA, ISB, ISAFOM, ISPA, ISPAAM), incaricati dai rispettivi direttori, con il supporto di personale informatico-tecnologico di altri istituti (IRSA, IRCRES - vedi sezione 4). L'obiettivo (1) ha richiesto un iniziale censimento delle attuali collezioni presenti presso gli istituti del CNR-DiSBA, che è tuttora in fase di completamento e che sarà propedeutico alle attività di inventariazione/digitalizzazione delle collezioni. Rispetto al precedente censimento confluito nel progetto BioGenRes (166,239 accessioni in 42 collezioni da 10 istituti), i risultati preliminari del censimento BioMemory indicano un aumento del materiale biologico conservato, nonostante il minor numero di istituti coinvolti nel progetto (attese 180,000 accessioni circa da 54 collezioni di 9 istituti). Le attività svolte nell'ambito dell'obiettivo (2) hanno mirato soprattutto a: (i) valutare lo stato di digitalizzazione attuale delle biobanche/collezioni presenti nell'ambito CNR-DiSBA; (ii) predi- sporre le condizioni, le funzionalità e le strutture volte ad integrare le attività del presente progetto con le diverse iniziative nazionali ed internazionali nel settore delle reti infrastrutturali a carattere scientifico (ad es., ITINERIS, DiSSCo, PRO-GRACE, ecc.); (iii) realizzare una piattaforma infor- matica in grado di assicurare lo scambio dati in tempo reale con i maggiori aggregatori online di metadati sulla biodiversità (ad es., GBIF, EURISCO, ecc.). Le attività relative all'obiettivo (3) sono state mirate a raccogliere informazioni circa le compe- tenze presenti presso gli istituti coinvolti nel progetto e le metodologie d'indagine utilizzate sulle accessioni delle biobanche. Una prima analisi ha messo in evidenza un'elevata qualità della ricerca attualmente condotta sul materiale biologico conservato presso gli istituti del Dipartimento, i cui risultati confermano come le collezioni biologiche attualmente presenti presso la rete di istituti CNR-DiSBA siano una preziosa fonte di diversità genetica e funzionale. La caratterizzazione mole- 2/44 Progetto BioMemory/CNR-DiSBA - Relazione semestrale delle attività colare delle accessioni condotta per molte delle biobanche DiSBA è la necessaria premessa per la creazione di un esteso dataset genetico, genomico, biochimico, proteomico e metabolomico che verrà implementato nel corso dei successivi anni di progetto. Tra le attività di maggior rilievo svoltesi nel primo semestre del progetto ed in via di completa - mento durante il secondo semestre vi è la messa a punto e la condivisione di protocolli, strumenti, workflows e procedure utili alla gestione, al mantenimento e alla conservazione del materiale biolo- gico presente nelle collezioni/biobanche CNR-DiSBA. L'adozione di tali standard è fondamentale in vista dell'integrazione del network delle collezioni in un contesto di ricerca internazionale, dati gli elevati standard richiesti per la partecipazione a progetti e reti infrastrutturali, che attualmente non tutte le biobanche CNR possiedono. I primi sei mesi di attività del progetto BioMemory hanno inoltre permesso la creazione di un net- work di ricercatori e tecnici coinvolti nella gestione delle biobanche CNR (in totale 124 unità di per- sonale, al momento della redazione di questo documento, distribuite in tutta la penisola - vedi https://biomemory.cnr.it/browse/people) che costituiscono un patrimonio di expertise, competenze e conoscenze in grado di assicurare il successo del progetto ed il raggiungimento degli obiettivi previ- sti alla fine del triennio. A questo riguardo, le riunioni di progetto (che si sono svolte in modalità remota a causa delle restrizioni sanitarie in atto) hanno visto un'ampia partecipazione ed una fattiva collaborazione da parte di tutti i partecipanti (vedi sezione 2). Il materiale prodotto durante il primo semestre del presente progetto (inclusa la presente rela - zione) è disponibile online in parte sul sito web del progetto (https://biomemory.cnr.it) ed in parte presso un deposito elettronico remoto condiviso tra tutti i partecipanti al progetto stesso (https://bio- memory.cnr.it/nextcloud/index.php/s/2HALLP4fFNS8Dkb), presso cui è anche possibile visualiz- zare le registrazioni delle riunioni telematiche di coordinamento delle attività progettuali, in confor- mità con le vigenti disposizioni sulla privacy (GDPR - https://gdpr-info.eu/).I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
