TANGARO, MARCO ANTONIO
TANGARO, MARCO ANTONIO
Istituto di Biomembrane, Bioenergetica e Biotecnologie Molecolari (IBIOM)
Dynamic configuration and data security for bioinformatics cloud services with the Laniakea Dashboard
2024 Tangaro, M. A.; Antonacci, M.; Donvito, G.; Foggetti, N.; Mandreoli, P.; Colombo, D.; Pesole, G.; Zambelli, F.
The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update
2024 L Abueg, Linelle Ann; Afgan, Enis; Allart, Olivier; H Awan, Ahmed; A Bacon, Wendi; Baker, Dannon; Bassetti, Madeline; Batut, Bérénice; Bernt, Matthias; Blankenberg, Daniel; Bombarely, Aureliano; Bretaudeau, Anthony; J Bromhead, Catherine; L Burke, Melissa; K Capon, Patrick; Čech, Martin; Chavero-Díez, María; M Chilton, John; J Collins, Tyler; Coppens, Frederik; Coraor, Nate; Cuccuru, Gianmauro; Cumbo, Fabio; Davis, John; F De Geest, Paul; de Koning, Willem; Demko, Martin; Desanto, Assunta; Manuel Domínguez Begines, José; A Doyle, Maria; Droesbeke, Bert; Erxleben-Eggenhofer, Anika; C Föll, Melanie; Formenti, Giulio; Fouilloux, Anne; Gangazhe, Rendani; Genthon, Tanguy; Goecks, Jeremy; N Gonzalez Beltran, Alejandra; A Goonasekera, Nuwan; Goué, Nadia; J Griffin, Timothy; A Grüning, Björn; Guerler, Aysam; Gundersen, Sveinung; Johan Ragnar Gustafsson, Ove; Hall, Christina; W Harrop, Thomas; Hecht, Helge; Heidari, Alireza; Heisner, Tillman; Heyl, Florian; Hiltemann, Saskia; Hotz, Hans-Rudolf; J Hyde, Cameron; D Jagtap, Pratik; Jakiela, Julia; E Johnson, James; Joshi, Jayadev; Jossé, Marie; Jum’Ah, Khaled; Kalaš, Matúš; Kamieniecka, Katarzyna; Kayikcioglu, Tunc; Konkol, Markus; Kostrykin, Leonid; Kucher, Natalie; Kumar, Anup; Kuntz, Mira; Lariviere, Delphine; Lazarus, Ross; Le Bras, Yvan; Le Corguillé, Gildas; Lee, Justin; Leo, Simone; Liborio, Leandro; Libouban, Romane; López Tabernero, David; Lopez-Delisle, Lucille; S Los, Laila; Mahmoud, Alexandru; Makunin, Igor; Marin, Pierre; Mehta, Subina; Mok, Winnie; A Moreno, Pablo; Morier-Genoud, François; Mosher, Stephen; Müller, Teresa; Nasr, Engy; Nekrutenko, Anton; M Nelson, Tiffanie; J Oba, Asime; Ostrovsky, Alexander; V Polunina, Polina; Poterlowicz, Krzysztof; J Price, Elliott; R Price, Gareth; Rasche, Helena; Raubenolt, Bryan; Royaux, Coline; Sargent, Luke; T Savage, Michelle; Savchenko, Volodymyr; Savchenko, Denys; C Schatz, Michael; Seguineau, Pauline; Serrano-Solano, Beatriz; Soranzo, Nicola; Kumar Srikakulam, Sanjay; Suderman, Keith; E Syme, Anna; Tangaro, MARCO ANTONIO; A Tedds, Jonathan; Tekman, Mehmet; Cheng (Mike) Thang, Wai; S Thanki, Anil; Uhl, Michael; van den Beek, Marius; Varshney, Deepti; Vessio, Jenn; Videm, Pavankumar; Von Kuster, Greg; R Watson, Gregory; Whitaker-Allen, Natalie; Winter, Uwe; Wolstencroft, Martin; Zambelli, Federico; Zierep, Paul; Zoabi, Rand
UTRdb 2.0: a comprehensive, expert curated catalog of eukaryotic mRNAs untranslated regions
2023 Giudice, C. L.; Zambelli, F.; Chiara, M.; Pavesi, G.; Tangaro, M. A.; Picardi, E.; Pesole, G.
EOSC-Pillar D7.4 - Transnational usage of EOSC-Pillar services
2022 de Andres, P; Berberi, L; Breton, V; Candela, L; Franc, A; Frigerio, Jm; Gaido, L; Mandreoli, P; Lechaudel, D; Lorini, M; Di Fazio, M; Orro, A; Pansanel, J; Pisa, C; Pop, S; Porquet, T; Romier, G; Tangaro, M A; Vianello, E; van Wezel, J
The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update
2022 Afgan, E.; Nekrutenko, A.; Gruning, B. A.; Blankenberg, D.; Goecks, J.; Schatz, M. C.; Ostrovsky, A. E.; Mahmoud, A.; Lonie, A. J.; Syme, A.; Fouilloux, A.; Bretaudeau, A.; Kumar, A.; Eschenlauer, A. C.; Desanto, A. D.; Guerler, A.; Serrano-Solano, B.; Batut, B.; Gruning, B. A.; Langhorst, B. W.; Carr, B.; Raubenolt, B. A.; Hyde, C. J.; Bromhead, C. J.; Barnett, C. B.; Royaux, C.; Gallardo, C.; Blankenberg, D.; Fornika, D. J.; Baker, D.; Bouvier, D.; Clements, D.; De Lima Morais, D. A.; Tabernero, D. L.; Lariviere, D.; Nasr, E.; Afgan, E.; Zambelli, F.; Heyl, F.; Psomopoulos, F.; Coppens, F.; Price, G. R.; Cuccuru, G.; Corguille, G. L.; Von Kuster, G.; Akbulut, G. G.; Rasche, H.; Hans-Rudolf, H.; Eguinoa, I.; Makunin, I.; Ranawaka, I. J.; Taylor, J. P.; Joshi, J.; Hillman-Jackson, J.; Chilton, J. M.; Kamali, K.; Suderman, K.; Poterlowicz, K.; Yvan, L. B.; Lopez-Delisle, L.; Sargent, L.; Bassetti, M. E.; Tangaro, M. A.; Van Den Beek, M.; Cech, M.; Bernt, M.; Fahrner, M.; Tekman, M.; Foll, M. C.; Schatz, M. C.; Crusoe, M. R.; Roncoroni, M.; Kucher, N.; Coraor, N.; Stoler, N.; Rhodes, N.; Soranzo, N.; Pinter, N.; Goonasekera, N. A.; Moreno, P. A.; Videm, P.; Melanie, P.; Mandreoli, P.; Jagtap, P. D.; Gu, Q.; Weber, R. J. M.; Lazarus, R.; Vorderman, R. H. P.; Hiltemann, S.; Golitsynskiy, S.; Garg, S.; Bray, S. A.; Gladman, S. L.; Leo, S.; Mehta, S. P.; Griffin, T. J.; Jalili, V.; Yves, V.; Wen, V.; Nagampalli, V. K.; Bacon, W. A.; De Koning, W.; Maier, W.; Briggs, P. J.
DOME: recommendations for supervised machine learning validation in biology
2021 Walsh, I.; Fishman, D.; Garcia-Gasulla, D.; Titma, T.; Pollastri, G.; Capriotti, E.; Casadio, R.; Capella-Gutierrez, S.; Cirillo, D.; Del Conte, A.; Dimopoulos, A. C.; Del Angel, V. D.; Dopazo, J.; Fariselli, P.; Fernandez, J. M.; Huber, F.; Kreshuk, A.; Lenaerts, T.; Martelli, P. L.; Navarro, A.; Broin, P. O.; Pinero, J.; Piovesan, D.; Reczko, M.; Ronzano, F.; Satagopam, V.; Savojardo, C.; Spiwok, V.; Tangaro, M. A.; Tartari, G.; Salgado, D.; Valencia, A.; Zambelli, F.; Harrow, J.; Psomopoulos, F. E.; Tosatto, S. C. E.
ITSoneWB: profiling global taxonomic diversity of eukaryotic communities on Galaxy
2021 A Tangaro, Marco; Defazio, Giuseppe; Fosso, Bruno; Licciulli, VITO FLAVIO; Grillo, Giorgio; Donvito, Giacinto; Lavezzo, Enrico; Baruzzo, Giacomo; Pesole, Graziano; Santamaria, Monica
Laniakea@ReCaS: exploring the potential of customisable Galaxy on-demand instances as a cloud-based service
2021 Tangaro, M. A.; Mandreoli, P.; Chiara, M.; Donvito, G.; Antonacci, M.; Parisi, A.; Bianco, A.; Romano, A.; Bianchi, D. M.; Cangelosi, D.; Uva, P.; Molineris, I.; Nosi, V.; Calogero, R. A.; Alessandri, L.; Pedrini, E.; Mordenti, M.; Bonetti, E.; Sangiorgi, L.; Pesole, G.; Zambelli, F.
ELIXIR-IT HPC@CINECA: High performance computing resources for the bioinformatics community
2020 Castrignano, T; Gioiosa, S; Flati, T; Cestari, M; Picardi, E; Chiara, M; Fratelli, M; Amente, S; Cirilli, M; Tangaro, Ma; Chillemi, G; Pesole, G; Zambelli, F
Investigating RNA editing in deep transcriptome datasets with REDItools and REDIportal
2020 Lo Giudice, C; Tangaro, Ma; Pesole, G; Picardi, E
Laniakea: An open solution to provide Galaxy "on-demand" instances over heterogeneous cloud infrastructures
2020 Tangaro M.A.; Donvito G.; Antonacci M.; Chiara M.; Mandreoli P.; Pesole G.; Zambelli F.
PIPE-T: a new Galaxy tool for the analysis of RT-qPCR expression data
2019 Zanardi N.; Morini M.; Tangaro M.A.; Zambelli F.; Bosco M.C.; Varesio L.; Eva A.; Cangelosi D.
INDIGO-DataCloud: a Platform to Facilitate Seamless Access to E-Infrastructures
2018 Salomoni D.; Campos I.; Gaido L.; de Lucas J.M.; Solagna P.; Gomes J.; Matyska L.; Fuhrman P.; Hardt M.; Donvito G.; Dutka L.; Plociennik M.; Barbera R.; Blanquer I.; Ceccanti A.; Cetinic E.; David M.; Duma C.; LopezGarcia A.; Molto G.; Orviz P.; Sustr Z.; Viljoen M.; Aguilar F.; Alves L.; Antonacci M.; Antonelli L.A.; Bagnasco S.; Bonvin A.M.J.J.; Bruno R.; Chen Y.; Costa A.; Davidovic D.; Ertl B.; Fargetta M.; Fiore S.; Gallozzi S.; Kurkcuoglu Z.; Lloret L.; Martins J.; Nuzzo A.; Nassisi P.; Palazzo C.; Pina J.; Sciacca E.; Spiga D.; Tangaro M.; Urbaniak M.; Vallero S.; Wegh B.; Zaccolo V.; Zambelli F.; Zok T.
Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
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Dynamic configuration and data security for bioinformatics cloud services with the Laniakea Dashboard | 1-gen-2024 | Tangaro, M. A.; Antonacci, M.; Donvito, G.; Foggetti, N.; Mandreoli, P.; Colombo, D.; Pesole, G.; Zambelli, F. | |
The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update | 1-gen-2024 | L Abueg, Linelle Ann; Afgan, Enis; Allart, Olivier; H Awan, Ahmed; A Bacon, Wendi; Baker, Dannon; Bassetti, Madeline; Batut, Bérénice; Bernt, Matthias; Blankenberg, Daniel; Bombarely, Aureliano; Bretaudeau, Anthony; J Bromhead, Catherine; L Burke, Melissa; K Capon, Patrick; Čech, Martin; Chavero-Díez, María; M Chilton, John; J Collins, Tyler; Coppens, Frederik; Coraor, Nate; Cuccuru, Gianmauro; Cumbo, Fabio; Davis, John; F De Geest, Paul; de Koning, Willem; Demko, Martin; Desanto, Assunta; Manuel Domínguez Begines, José; A Doyle, Maria; Droesbeke, Bert; Erxleben-Eggenhofer, Anika; C Föll, Melanie; Formenti, Giulio; Fouilloux, Anne; Gangazhe, Rendani; Genthon, Tanguy; Goecks, Jeremy; N Gonzalez Beltran, Alejandra; A Goonasekera, Nuwan; Goué, Nadia; J Griffin, Timothy; A Grüning, Björn; Guerler, Aysam; Gundersen, Sveinung; Johan Ragnar Gustafsson, Ove; Hall, Christina; W Harrop, Thomas; Hecht, Helge; Heidari, Alireza; Heisner, Tillman; Heyl, Florian; Hiltemann, Saskia; Hotz, Hans-Rudolf; J Hyde, Cameron; D Jagtap, Pratik; Jakiela, Julia; E Johnson, James; Joshi, Jayadev; Jossé, Marie; Jum’Ah, Khaled; Kalaš, Matúš; Kamieniecka, Katarzyna; Kayikcioglu, Tunc; Konkol, Markus; Kostrykin, Leonid; Kucher, Natalie; Kumar, Anup; Kuntz, Mira; Lariviere, Delphine; Lazarus, Ross; Le Bras, Yvan; Le Corguillé, Gildas; Lee, Justin; Leo, Simone; Liborio, Leandro; Libouban, Romane; López Tabernero, David; Lopez-Delisle, Lucille; S Los, Laila; Mahmoud, Alexandru; Makunin, Igor; Marin, Pierre; Mehta, Subina; Mok, Winnie; A Moreno, Pablo; Morier-Genoud, François; Mosher, Stephen; Müller, Teresa; Nasr, Engy; Nekrutenko, Anton; M Nelson, Tiffanie; J Oba, Asime; Ostrovsky, Alexander; V Polunina, Polina; Poterlowicz, Krzysztof; J Price, Elliott; R Price, Gareth; Rasche, Helena; Raubenolt, Bryan; Royaux, Coline; Sargent, Luke; T Savage, Michelle; Savchenko, Volodymyr; Savchenko, Denys; C Schatz, Michael; Seguineau, Pauline; Serrano-Solano, Beatriz; Soranzo, Nicola; Kumar Srikakulam, Sanjay; Suderman, Keith; E Syme, Anna; Tangaro, MARCO ANTONIO; A Tedds, Jonathan; Tekman, Mehmet; Cheng (Mike) Thang, Wai; S Thanki, Anil; Uhl, Michael; van den Beek, Marius; Varshney, Deepti; Vessio, Jenn; Videm, Pavankumar; Von Kuster, Greg; R Watson, Gregory; Whitaker-Allen, Natalie; Winter, Uwe; Wolstencroft, Martin; Zambelli, Federico; Zierep, Paul; Zoabi, Rand | |
UTRdb 2.0: a comprehensive, expert curated catalog of eukaryotic mRNAs untranslated regions | 1-gen-2023 | Giudice, C. L.; Zambelli, F.; Chiara, M.; Pavesi, G.; Tangaro, M. A.; Picardi, E.; Pesole, G. | |
EOSC-Pillar D7.4 - Transnational usage of EOSC-Pillar services | 1-gen-2022 | de Andres, P; Berberi, L; Breton, V; Candela, L; Franc, A; Frigerio, Jm; Gaido, L; Mandreoli, P; Lechaudel, D; Lorini, M; Di Fazio, M; Orro, A; Pansanel, J; Pisa, C; Pop, S; Porquet, T; Romier, G; Tangaro, M A; Vianello, E; van Wezel, J | |
The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update | 1-gen-2022 | Afgan, E.; Nekrutenko, A.; Gruning, B. A.; Blankenberg, D.; Goecks, J.; Schatz, M. C.; Ostrovsky, A. E.; Mahmoud, A.; Lonie, A. J.; Syme, A.; Fouilloux, A.; Bretaudeau, A.; Kumar, A.; Eschenlauer, A. C.; Desanto, A. D.; Guerler, A.; Serrano-Solano, B.; Batut, B.; Gruning, B. A.; Langhorst, B. W.; Carr, B.; Raubenolt, B. A.; Hyde, C. J.; Bromhead, C. J.; Barnett, C. B.; Royaux, C.; Gallardo, C.; Blankenberg, D.; Fornika, D. J.; Baker, D.; Bouvier, D.; Clements, D.; De Lima Morais, D. A.; Tabernero, D. L.; Lariviere, D.; Nasr, E.; Afgan, E.; Zambelli, F.; Heyl, F.; Psomopoulos, F.; Coppens, F.; Price, G. R.; Cuccuru, G.; Corguille, G. L.; Von Kuster, G.; Akbulut, G. G.; Rasche, H.; Hans-Rudolf, H.; Eguinoa, I.; Makunin, I.; Ranawaka, I. J.; Taylor, J. P.; Joshi, J.; Hillman-Jackson, J.; Chilton, J. M.; Kamali, K.; Suderman, K.; Poterlowicz, K.; Yvan, L. B.; Lopez-Delisle, L.; Sargent, L.; Bassetti, M. E.; Tangaro, M. A.; Van Den Beek, M.; Cech, M.; Bernt, M.; Fahrner, M.; Tekman, M.; Foll, M. C.; Schatz, M. C.; Crusoe, M. R.; Roncoroni, M.; Kucher, N.; Coraor, N.; Stoler, N.; Rhodes, N.; Soranzo, N.; Pinter, N.; Goonasekera, N. A.; Moreno, P. A.; Videm, P.; Melanie, P.; Mandreoli, P.; Jagtap, P. D.; Gu, Q.; Weber, R. J. M.; Lazarus, R.; Vorderman, R. H. P.; Hiltemann, S.; Golitsynskiy, S.; Garg, S.; Bray, S. A.; Gladman, S. L.; Leo, S.; Mehta, S. P.; Griffin, T. J.; Jalili, V.; Yves, V.; Wen, V.; Nagampalli, V. K.; Bacon, W. A.; De Koning, W.; Maier, W.; Briggs, P. J. | |
DOME: recommendations for supervised machine learning validation in biology | 1-gen-2021 | Walsh, I.; Fishman, D.; Garcia-Gasulla, D.; Titma, T.; Pollastri, G.; Capriotti, E.; Casadio, R.; Capella-Gutierrez, S.; Cirillo, D.; Del Conte, A.; Dimopoulos, A. C.; Del Angel, V. D.; Dopazo, J.; Fariselli, P.; Fernandez, J. M.; Huber, F.; Kreshuk, A.; Lenaerts, T.; Martelli, P. L.; Navarro, A.; Broin, P. O.; Pinero, J.; Piovesan, D.; Reczko, M.; Ronzano, F.; Satagopam, V.; Savojardo, C.; Spiwok, V.; Tangaro, M. A.; Tartari, G.; Salgado, D.; Valencia, A.; Zambelli, F.; Harrow, J.; Psomopoulos, F. E.; Tosatto, S. C. E. | |
ITSoneWB: profiling global taxonomic diversity of eukaryotic communities on Galaxy | 1-gen-2021 | A Tangaro, Marco; Defazio, Giuseppe; Fosso, Bruno; Licciulli, VITO FLAVIO; Grillo, Giorgio; Donvito, Giacinto; Lavezzo, Enrico; Baruzzo, Giacomo; Pesole, Graziano; Santamaria, Monica | |
Laniakea@ReCaS: exploring the potential of customisable Galaxy on-demand instances as a cloud-based service | 1-gen-2021 | Tangaro, M. A.; Mandreoli, P.; Chiara, M.; Donvito, G.; Antonacci, M.; Parisi, A.; Bianco, A.; Romano, A.; Bianchi, D. M.; Cangelosi, D.; Uva, P.; Molineris, I.; Nosi, V.; Calogero, R. A.; Alessandri, L.; Pedrini, E.; Mordenti, M.; Bonetti, E.; Sangiorgi, L.; Pesole, G.; Zambelli, F. | |
ELIXIR-IT HPC@CINECA: High performance computing resources for the bioinformatics community | 1-gen-2020 | Castrignano, T; Gioiosa, S; Flati, T; Cestari, M; Picardi, E; Chiara, M; Fratelli, M; Amente, S; Cirilli, M; Tangaro, Ma; Chillemi, G; Pesole, G; Zambelli, F | |
Investigating RNA editing in deep transcriptome datasets with REDItools and REDIportal | 1-gen-2020 | Lo Giudice, C; Tangaro, Ma; Pesole, G; Picardi, E | |
Laniakea: An open solution to provide Galaxy "on-demand" instances over heterogeneous cloud infrastructures | 1-gen-2020 | Tangaro M.A.; Donvito G.; Antonacci M.; Chiara M.; Mandreoli P.; Pesole G.; Zambelli F. | |
PIPE-T: a new Galaxy tool for the analysis of RT-qPCR expression data | 1-gen-2019 | Zanardi N.; Morini M.; Tangaro M.A.; Zambelli F.; Bosco M.C.; Varesio L.; Eva A.; Cangelosi D. | |
INDIGO-DataCloud: a Platform to Facilitate Seamless Access to E-Infrastructures | 1-gen-2018 | Salomoni D.; Campos I.; Gaido L.; de Lucas J.M.; Solagna P.; Gomes J.; Matyska L.; Fuhrman P.; Hardt M.; Donvito G.; Dutka L.; Plociennik M.; Barbera R.; Blanquer I.; Ceccanti A.; Cetinic E.; David M.; Duma C.; LopezGarcia A.; Molto G.; Orviz P.; Sustr Z.; Viljoen M.; Aguilar F.; Alves L.; Antonacci M.; Antonelli L.A.; Bagnasco S.; Bonvin A.M.J.J.; Bruno R.; Chen Y.; Costa A.; Davidovic D.; Ertl B.; Fargetta M.; Fiore S.; Gallozzi S.; Kurkcuoglu Z.; Lloret L.; Martins J.; Nuzzo A.; Nassisi P.; Palazzo C.; Pina J.; Sciacca E.; Spiga D.; Tangaro M.; Urbaniak M.; Vallero S.; Wegh B.; Zaccolo V.; Zambelli F.; Zok T. |