Modeling enzymatic reactions via chemical Langevin-Levy equation.

In Turco: Kimyasal Langevin Denklemi (KLD) kimyasal reaksiyonlar?n stokastik modellemesi için yararl? bir yakla??kl?k betimlemektedir. KLD'ye dayal? ?-atlama algoritmas?, sistemdeki her reaksiyonu her molekülün mevcut konsantrasyonunu korudu?u kabul edilebilecek ?ekilde çok kez ate?leyerek, reaksiyon sistemindeki her molekülün miktar?n? ? peryodu ile güncellemektedir. KLD'deki Brown hareketinin yerine Levy uçu?u konmas?yla KLD'nin daha çabuk yak?nsamas? beklenebilir. Bu çal??ma laktuloz hidrolizi s?ras?ndaki enzimatik transgalaktosilasyon reaksiyonunu betimleyen ayr?nt?l? kinetik model örne?i üzerinde ?-atlama'da Gauss yerine alfa (Levy)-kararl? art?mlar?n kullan?labilece?ini göstermektedir.

Chemical Langevin Equation (CLE) describes a useful approximation in stochastic modeling of chemical reactions. CLE-based ?-leaping algoritm updates the quantities of every molecule in a reaction system with a period of ?, firing every reaction in the system so many times that the concentration of each molecule can be assumed to remain in the current concentration state. Substituting the Brownian motion in the CLE with a Levy flight, one might expect the CLE to converge more rapidly. This work shows that alpha (Levy)-stable increments can be used in ?-leaping, demonstrating it with the example of a detailed kinetic model describing the enzymatic transgalactosylation reaction during lactulose hydrolysis.