La catena delta del TCR utilizza pochi elementi V scelti fra i numerosi membri (>60) della famiglia V alfa. I criteri di questa restrizione potrebbero essere diversi: a. localizzazione fisica dei geni V in un'unica subregione, b. sequenze promotrici comuni, c. selezione antigene-dipendente o d. preferenza nell'appaiamento con la catena gamma. La prima ipotesi sembra poco probabile dal momento che la maggioranza dei geni V delta sono dispersi nella regione V alfa. Non si hanno ancora sufficienti informazioni sulle regioni al 5' dei geni V alfa e delta per verficare la seconda ipotesi. Pertanto ci siamo chiesti se dal confronto della struttura primaria potessero evidenziarsi elementi distintivi tra i membri V alfa e V delta, tali da favorire l'ipotesi di una selezione nell'appaiamento o nel legame con peptidi o superantigeni. Oltre 60 sequenze umane appartenenti a 33 famiglie V alfa/delta sono state confrontate a coppie utilizzando il metodo di allineamento globale di Needlemsn e Wunsch. Gli scores ottenuti dagli allineamenti ci hanno fornito la matrice di somiglianze tra sequenze utilizzata nell'analisi dei componenti principali. I primi due componenti discriminano tre gruppi, uno dei quali contiene la maggioranza dei geni V delta (V1-4 e V8) più quattro famiglie "alfa". Il terzo componenete separa queste ultime, con l'eccezione di Va12, dai V delta di cui sopra. I rimanenti V delta (V5-7) non sembrano differenziarsi dai V alfa. Questi risultati, ottenuti dalle sequenze aminoacidiche, sono stati confermati su quelle nucleotidiche. Il confronto con i geni Va/d murini, nonchè l'analisi dei segmenti funzionalmente distinti del tratto V (FR e CDR) attualmente in corso potrebbe chiarire la natura delle differenze osservate.
Analisi statistica delle omologie tra i geni V alfa/delta del TCR.
Lisa A;
1993
Abstract
La catena delta del TCR utilizza pochi elementi V scelti fra i numerosi membri (>60) della famiglia V alfa. I criteri di questa restrizione potrebbero essere diversi: a. localizzazione fisica dei geni V in un'unica subregione, b. sequenze promotrici comuni, c. selezione antigene-dipendente o d. preferenza nell'appaiamento con la catena gamma. La prima ipotesi sembra poco probabile dal momento che la maggioranza dei geni V delta sono dispersi nella regione V alfa. Non si hanno ancora sufficienti informazioni sulle regioni al 5' dei geni V alfa e delta per verficare la seconda ipotesi. Pertanto ci siamo chiesti se dal confronto della struttura primaria potessero evidenziarsi elementi distintivi tra i membri V alfa e V delta, tali da favorire l'ipotesi di una selezione nell'appaiamento o nel legame con peptidi o superantigeni. Oltre 60 sequenze umane appartenenti a 33 famiglie V alfa/delta sono state confrontate a coppie utilizzando il metodo di allineamento globale di Needlemsn e Wunsch. Gli scores ottenuti dagli allineamenti ci hanno fornito la matrice di somiglianze tra sequenze utilizzata nell'analisi dei componenti principali. I primi due componenti discriminano tre gruppi, uno dei quali contiene la maggioranza dei geni V delta (V1-4 e V8) più quattro famiglie "alfa". Il terzo componenete separa queste ultime, con l'eccezione di Va12, dai V delta di cui sopra. I rimanenti V delta (V5-7) non sembrano differenziarsi dai V alfa. Questi risultati, ottenuti dalle sequenze aminoacidiche, sono stati confermati su quelle nucleotidiche. Il confronto con i geni Va/d murini, nonchè l'analisi dei segmenti funzionalmente distinti del tratto V (FR e CDR) attualmente in corso potrebbe chiarire la natura delle differenze osservate.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
