Il Ministero per le Politiche Agricole, Alimentari e Forestali (MiPAAF) nel 2009 ha finanziato il Progetto "ARNADIA" finalizzato alla produzione di protocolli diagnostici, armonizzati e validati, che fossero di riferimento per il controllo e il monitoraggio dei patogeni vegetali di interesse fitosanitario. In questo ambito, è stato costituito il "Gruppo di Lavoro ARNADIA - virus della vite" composto da 8 Università ed Enti di Ricerca, 3 Laboratori privati accreditati, un Laboratorio dei Servizi Fitosanitari e un'Associazione di vivaisti viticoli. L'obiettivo del Gruppo di Lavoro è stato quello di produrre protocolli diagnostici di riferimento, sia sierologici che molecolari, calcolandone i parametri di validazione al fine di ottenere l'armonizzazione della diagnosi di 8 virus vite: Grapevine leafroll-associated virus-1, -2, -3, (GLRaV 1, 2, 3 ) Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Arabis mosaic virus (ArMV), Grapevine fanleaf virus (GFLV) e Grapevine fleck virus (GFkV). La validazione di un protocollo consiste nella valutazione di specifici parametri volti a determinare la loro idoneità per identificare la presenza di un "target" specifico. I parametri che influenzano la capacità di un protocollo di definire accuratamente lo stato sanitario del campione in esame sono: la sensibilità diagnostica (capacità del metodo utilizzato di rilevare la presenza del patogeno nei campioni veramente infetti dal patogeno in questione - veri positivi) e la specificità diagnostica (capacità del metodo utilizzato di non per rilevare la presenza del patogeno in campioni non infetti dal patogeno in questione - veri negativi). Altri parametri che devono essere considerati e che determinano l'efficienza di un protocollo sono: la sensibilità analitica (la più piccola quantità di entità infettiva che può essere identificata dal protocollo), la ripetibilità o accordanza (grado di conformità dei risultati ottenuti nella replicazione del protocollo, in intervalli di tempo brevi, utilizzando gli stessi campioni di riferimenti nelle stesse condizioni di lavoro cioè apparecchiature, operatore, laboratorio) e riproducibilità o concordanza (grado di conformità dei risultati ottenuti con lo stesso metodo con gli stessi campioni di riferimento in diversi laboratori). Quest'ultimo parametro è stato definito con la collaborazione di altri 5 laboratori dei Servizi Fitosanitari Regionali. Nello specifico, 122 campioni di vite (varietà, portainnesti e campioni "pool" composti da 5 piante, di cui solo una infetta) sono stati analizzati mediante ELISA, utilizzando 25 antisieri di tre società commerciali (Agritest, Bioreba e Sediag) e multiplex RT-PCR. Per l'ELISA i test sono stati condotti seguendo le indicazioni fornite dalle Ditte; per la multiplex RT-PCR è stato utilizzato il protocollo descritto da Gambino e Gribaudo, (2006). I test sono stati eseguiti in 18 laboratori utilizzando gli stessi campioni (analizzati in condizioni di anonimato) e reagenti; i risultati sono stati ottenuti utilizzando lo stesso valore di soglia calcolato sulla base delle letture spettrofotometriche per l'ELISA e analizzando i gel elettroforetici per la multiplex RT-PCR. L'elaborazione dei risultati (circa 24.000 dati) ha portato alla definizione dei parametri di validazione secondo le norme UNI / EN / ISO 16140 e 17025 e gli standard EPPO PM7/76 e PM7/98.L'ELISA ha dimostrato di essere una tecnica molto efficace, paragonabile al metodo molecolare, anche se quest'ultimo si è rivelato, come previsto, più efficiente e sensibile per alcuni virus e su alcuni campioni specifici (portainnesti e "pool"). L'efficienza e l'affidabilità dei protocolli sono stati provati e dimostrati, per la prima volta per quanto riguarda la diagnosi dei virus della vite, utilizzando un gran quantità di campioni in un ampio panorama di laboratori. Sulla base dell'attività svolta e dei risultati ottenuti, si può affermare che sia l'ELISA che la multiplex RT-PCR si sono dimostrati altamente validi, e il loro impiego ottimale è in funzione delle diverse esigenze e scopi diagnostici.
Protocolli diagnostici - Progetto Aron-Arnadia
Bianco PA;Gambino G;Mannini F;Saldarelli P;
2013
Abstract
Il Ministero per le Politiche Agricole, Alimentari e Forestali (MiPAAF) nel 2009 ha finanziato il Progetto "ARNADIA" finalizzato alla produzione di protocolli diagnostici, armonizzati e validati, che fossero di riferimento per il controllo e il monitoraggio dei patogeni vegetali di interesse fitosanitario. In questo ambito, è stato costituito il "Gruppo di Lavoro ARNADIA - virus della vite" composto da 8 Università ed Enti di Ricerca, 3 Laboratori privati accreditati, un Laboratorio dei Servizi Fitosanitari e un'Associazione di vivaisti viticoli. L'obiettivo del Gruppo di Lavoro è stato quello di produrre protocolli diagnostici di riferimento, sia sierologici che molecolari, calcolandone i parametri di validazione al fine di ottenere l'armonizzazione della diagnosi di 8 virus vite: Grapevine leafroll-associated virus-1, -2, -3, (GLRaV 1, 2, 3 ) Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Arabis mosaic virus (ArMV), Grapevine fanleaf virus (GFLV) e Grapevine fleck virus (GFkV). La validazione di un protocollo consiste nella valutazione di specifici parametri volti a determinare la loro idoneità per identificare la presenza di un "target" specifico. I parametri che influenzano la capacità di un protocollo di definire accuratamente lo stato sanitario del campione in esame sono: la sensibilità diagnostica (capacità del metodo utilizzato di rilevare la presenza del patogeno nei campioni veramente infetti dal patogeno in questione - veri positivi) e la specificità diagnostica (capacità del metodo utilizzato di non per rilevare la presenza del patogeno in campioni non infetti dal patogeno in questione - veri negativi). Altri parametri che devono essere considerati e che determinano l'efficienza di un protocollo sono: la sensibilità analitica (la più piccola quantità di entità infettiva che può essere identificata dal protocollo), la ripetibilità o accordanza (grado di conformità dei risultati ottenuti nella replicazione del protocollo, in intervalli di tempo brevi, utilizzando gli stessi campioni di riferimenti nelle stesse condizioni di lavoro cioè apparecchiature, operatore, laboratorio) e riproducibilità o concordanza (grado di conformità dei risultati ottenuti con lo stesso metodo con gli stessi campioni di riferimento in diversi laboratori). Quest'ultimo parametro è stato definito con la collaborazione di altri 5 laboratori dei Servizi Fitosanitari Regionali. Nello specifico, 122 campioni di vite (varietà, portainnesti e campioni "pool" composti da 5 piante, di cui solo una infetta) sono stati analizzati mediante ELISA, utilizzando 25 antisieri di tre società commerciali (Agritest, Bioreba e Sediag) e multiplex RT-PCR. Per l'ELISA i test sono stati condotti seguendo le indicazioni fornite dalle Ditte; per la multiplex RT-PCR è stato utilizzato il protocollo descritto da Gambino e Gribaudo, (2006). I test sono stati eseguiti in 18 laboratori utilizzando gli stessi campioni (analizzati in condizioni di anonimato) e reagenti; i risultati sono stati ottenuti utilizzando lo stesso valore di soglia calcolato sulla base delle letture spettrofotometriche per l'ELISA e analizzando i gel elettroforetici per la multiplex RT-PCR. L'elaborazione dei risultati (circa 24.000 dati) ha portato alla definizione dei parametri di validazione secondo le norme UNI / EN / ISO 16140 e 17025 e gli standard EPPO PM7/76 e PM7/98.L'ELISA ha dimostrato di essere una tecnica molto efficace, paragonabile al metodo molecolare, anche se quest'ultimo si è rivelato, come previsto, più efficiente e sensibile per alcuni virus e su alcuni campioni specifici (portainnesti e "pool"). L'efficienza e l'affidabilità dei protocolli sono stati provati e dimostrati, per la prima volta per quanto riguarda la diagnosi dei virus della vite, utilizzando un gran quantità di campioni in un ampio panorama di laboratori. Sulla base dell'attività svolta e dei risultati ottenuti, si può affermare che sia l'ELISA che la multiplex RT-PCR si sono dimostrati altamente validi, e il loro impiego ottimale è in funzione delle diverse esigenze e scopi diagnostici.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
