Obiettivi: L'utilizzo di liste di specie animali per informare decisioni di conservazione della natura ha una storia consolidata in ambiente continentale, mentre in mare l'uso di liste locali di specie è più ridotto. I motivi sono duplici: da una parte, l'ambiente marino è considerato meno confinato, con possibilità di spostamento e dispersione degli organismi non paragonabili all'ambiente terrestre; dall'altro lato, non ci sono studi su gruppi animali da poter usare quali indicatori, come avviene invece per molti gruppi di insetti in ambiente terrestre. La disponibilità di recenti tecniche molecolari per l'identificazione di specie in un comparto faunistico ricco, diversificato e con potenziali specie a distribuzione limitata come la meiofauna potrebbe fornire uno strumento valido per il monitoraggio biologico degli ambienti marini per informare la conservazione di questo ambiente. Scopo del presente lavoro è quello di fornire indicazioni sulla validità dei metodi di sequenziamento massivo nella meiofauna. Materiali e Metodi: Abbiamo analizzato sequenze dei due marcatori più comuni, 18S e COI, provenienti da oltre 12.000 organismi della meiofauna, appartenenti a diversi phyla animali, usano 4 tecniche diverse per ottenere unità tassonomiche da dati di sequenze molecolari (Barcoding, ABGD, K/theta e GMYC). Risultati: Il marcatore comunemente utilizzato, 18S non è risultato in grado di riconoscere le specie morfologiche e produce sottostime per un fattore 0,4. La COI invece produce sovrastime, in media di un fattore 7,6, essendo in grado di individuare specie criptiche in molti taxa. I risultati con la COI sono inoltre più coerenti tra le tecniche di tassonomia molecolare, mentre i risultati dal 18S sono anche dipendenti dal metodo utilizzato. Conclusioni: La raccomandazione principale è quella di non usare 18S come marcatore, anche se è stato comunemente utilizzato finora.
Metodi molecolari per l'utilizzo della meiofauna come indicatore di qualità ambientale in ambiente marino
Diego Fontaneto
2013
Abstract
Obiettivi: L'utilizzo di liste di specie animali per informare decisioni di conservazione della natura ha una storia consolidata in ambiente continentale, mentre in mare l'uso di liste locali di specie è più ridotto. I motivi sono duplici: da una parte, l'ambiente marino è considerato meno confinato, con possibilità di spostamento e dispersione degli organismi non paragonabili all'ambiente terrestre; dall'altro lato, non ci sono studi su gruppi animali da poter usare quali indicatori, come avviene invece per molti gruppi di insetti in ambiente terrestre. La disponibilità di recenti tecniche molecolari per l'identificazione di specie in un comparto faunistico ricco, diversificato e con potenziali specie a distribuzione limitata come la meiofauna potrebbe fornire uno strumento valido per il monitoraggio biologico degli ambienti marini per informare la conservazione di questo ambiente. Scopo del presente lavoro è quello di fornire indicazioni sulla validità dei metodi di sequenziamento massivo nella meiofauna. Materiali e Metodi: Abbiamo analizzato sequenze dei due marcatori più comuni, 18S e COI, provenienti da oltre 12.000 organismi della meiofauna, appartenenti a diversi phyla animali, usano 4 tecniche diverse per ottenere unità tassonomiche da dati di sequenze molecolari (Barcoding, ABGD, K/theta e GMYC). Risultati: Il marcatore comunemente utilizzato, 18S non è risultato in grado di riconoscere le specie morfologiche e produce sottostime per un fattore 0,4. La COI invece produce sovrastime, in media di un fattore 7,6, essendo in grado di individuare specie criptiche in molti taxa. I risultati con la COI sono inoltre più coerenti tra le tecniche di tassonomia molecolare, mentre i risultati dal 18S sono anche dipendenti dal metodo utilizzato. Conclusioni: La raccomandazione principale è quella di non usare 18S come marcatore, anche se è stato comunemente utilizzato finora.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
