L'introduzione di nuovi metodi di sequenziamento stà rivoluzionando le potenzialità diagnostiche e di ricerca in campo vegetale. Queste tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), non necessitano di alcuna conoscenza preliminare sul contenuto in acidi nucleici, virali e dell'ospite, dei tessuti sottoposti ad analisi. Il loro utilizzo permette di condurre un'analisi metagenomica sul campione in esame, che può essere costituito da una singola pianta o provenire da più piante. Da un punto di vista fitopatologico, queste nuove tecnologie rivelano la complessità del "viroma" (l'insieme di virus e viroidi) del campione e delle sue interazioni con il genoma dell'ospite, laddove questo è noto. Dal punto di vista diagnostico il metodo velocizza la scoperta e l'identificazione di nuovi o già noti virus, la sequenza del loro genoma e lo sviluppo di nuovi e specifici metodi di diagnosi.
Le opportunità del next generation sequencing nella ricerca e nella diagnosi fitovirologica
Saldarelli P;Giampetruzzi A;Saponari M;Minafra A
2014
Abstract
L'introduzione di nuovi metodi di sequenziamento stà rivoluzionando le potenzialità diagnostiche e di ricerca in campo vegetale. Queste tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), non necessitano di alcuna conoscenza preliminare sul contenuto in acidi nucleici, virali e dell'ospite, dei tessuti sottoposti ad analisi. Il loro utilizzo permette di condurre un'analisi metagenomica sul campione in esame, che può essere costituito da una singola pianta o provenire da più piante. Da un punto di vista fitopatologico, queste nuove tecnologie rivelano la complessità del "viroma" (l'insieme di virus e viroidi) del campione e delle sue interazioni con il genoma dell'ospite, laddove questo è noto. Dal punto di vista diagnostico il metodo velocizza la scoperta e l'identificazione di nuovi o già noti virus, la sequenza del loro genoma e lo sviluppo di nuovi e specifici metodi di diagnosi.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.