Gli organismi attori nella catena trofica microbica sono i virus, i Bacteria, gli Archaea, il picoplancton autotrofo, il fitoplancton, i flagellati eterotrofi ed i ciliati. L'ecologia microbica acquatica studia le interazioni tra di essi e l'ambiente che li ospita, anche alla luce delle cospicue modificazioni biogeofisiche che i microorganismi possono determinare nell'ecosistema. A cominciare dagli anni '90 l'approccio molecolare allo studio delle comunità microbiche ha portato a nuove conoscenze della diversità microbica e delle linee filogenetiche dei microrganismi acquatici. Si è cominciato a chiarire che l'importanza dei microrganismi nell'ecosistema lago aumenta parallelamente alla comprensione delle relazioni tra funzione ed identità tassonomica. Perciò gli sforzi della ricerca sono stati indirizzati verso il sequenziamento dell'intero genoma, grazie alla facilitata accessibilità alle tecniche di sequenziamento di ultima generazione. La metagenomica ha reso possibile l'ampliamento del numero di sequenze del gene 16S rRNA depositate e ha dato nuovo impulso per la comprensione della composizione e dell'ecologia delle comunità microbiche. C'è bisogno tuttavia di migliorare le misure a microscala (nanometro e millimetro) per comprendere le interazioni e le funzioni microbiche, di isolare batteri, archea e virus e di coltivare comunità miste. Nell'Istituto Italiano di Idrobiologia, ora CNR - ISE, le ricerche nel campo dell'ecologia microbica hanno avuto già dagli anni '60 un'importanza riconosciuta anche internazionalmente. L'attuale gruppo di ecologia microbica acquatica è al passo con i tempi ed ha focalizzato le indagini su numerosi temi d'avanguardia. Illustrerò a titolo d'esempio tre "case studies" che descrivono al meglio la nostra ricerca nel campo: 1) Diversità filogenetica dei picocianobatteri di acqua dolce, 2) Dinamiche di formazione di microcolonie da cellule singole di Synechococcus, 3) Thaumarchaeota nell'ipolimnio profondo dei laghi subalpini.
Nuove prospettive dell'ecologia microbica dei laghi: la visione da uno storico istituto
Cristiana Callieri
2013
Abstract
Gli organismi attori nella catena trofica microbica sono i virus, i Bacteria, gli Archaea, il picoplancton autotrofo, il fitoplancton, i flagellati eterotrofi ed i ciliati. L'ecologia microbica acquatica studia le interazioni tra di essi e l'ambiente che li ospita, anche alla luce delle cospicue modificazioni biogeofisiche che i microorganismi possono determinare nell'ecosistema. A cominciare dagli anni '90 l'approccio molecolare allo studio delle comunità microbiche ha portato a nuove conoscenze della diversità microbica e delle linee filogenetiche dei microrganismi acquatici. Si è cominciato a chiarire che l'importanza dei microrganismi nell'ecosistema lago aumenta parallelamente alla comprensione delle relazioni tra funzione ed identità tassonomica. Perciò gli sforzi della ricerca sono stati indirizzati verso il sequenziamento dell'intero genoma, grazie alla facilitata accessibilità alle tecniche di sequenziamento di ultima generazione. La metagenomica ha reso possibile l'ampliamento del numero di sequenze del gene 16S rRNA depositate e ha dato nuovo impulso per la comprensione della composizione e dell'ecologia delle comunità microbiche. C'è bisogno tuttavia di migliorare le misure a microscala (nanometro e millimetro) per comprendere le interazioni e le funzioni microbiche, di isolare batteri, archea e virus e di coltivare comunità miste. Nell'Istituto Italiano di Idrobiologia, ora CNR - ISE, le ricerche nel campo dell'ecologia microbica hanno avuto già dagli anni '60 un'importanza riconosciuta anche internazionalmente. L'attuale gruppo di ecologia microbica acquatica è al passo con i tempi ed ha focalizzato le indagini su numerosi temi d'avanguardia. Illustrerò a titolo d'esempio tre "case studies" che descrivono al meglio la nostra ricerca nel campo: 1) Diversità filogenetica dei picocianobatteri di acqua dolce, 2) Dinamiche di formazione di microcolonie da cellule singole di Synechococcus, 3) Thaumarchaeota nell'ipolimnio profondo dei laghi subalpini.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
