Il sequenziamento su vasta scala ha prodotto una quantità di nuove informazioni sull'origine e l'organizzazione dei genomi degli organismi viventi. In particolare, si è visto che i genomi eucariotici contengono grandi quantità di DNA ripetuto, spesso derivato da elementi trasponibili (TEs). Negli ultimi anni, numerosi studi condotti in tale ambito hanno portato alla identifi cazione di nuovi elementi trasponibili, fra cui gli Elitroni. Questa nuova famiglia di DNA-trasposoni comprende elementi caratterizzati da una particolare modalità di replicazione a rolling-circle. Gli Elitroni posseggono, infatti, una open reading frame, in grado di codifi care per un polipeptide contenente alcuni domini specifi ci per la replicazione a circolo rotante, tipica di alcuni plasmidi batterici e di alcune famiglie di virus: il Rep (rolling-circle replication initiatior) ed un dominio per la DNA elicasi. L'idea che gli Elitroni abbiano svolto un ruolo importante nell'evoluzione dei genomi, suggerita della loro capacità di catturare i geni dell'ospite, ci ha indotto a ricercare tali elementi nel genoma di un orgamismo molto interessante per la storia evolutiva dei vertebrati, quale la Latimeria menadoensis, una sorta di "fossile vivente", appartenente all'ordine Coelacanthiformes, con lo scopo di ottenere nuovi dati molecolari per una più precisa defi nizione dei rapporti fi letici che intercorrono tra queste specie e quelle che hanno dato vita ai tetrapodi. Indagini preliminari ci hanno permesso di isolare un frammento di Elitrone dal genoma di Latimeria menadoensis. Ulizzando oligonucleotidi disegnati sulla regione più conservata di questi elementi trasponibili, abbiamo isolato un frammento di circa 800bp la cui sequenza ha un'elevata percentuale di identità con quelle di altri due Elitroni depositati in banca dati: Danio rerio hel5 (70%) e Xiphophorus maculatus hel (65%). Il frammento clonato ricade nella regione del Rep Domain, la quale risulta altamente conservata anche in specie molto distanti da un punto di vista fi logenetico.
ELITRONI NEL GENOMA DEL CELACANTO LATIMERIA MENADOENSIS
E Cocca;
2009
Abstract
Il sequenziamento su vasta scala ha prodotto una quantità di nuove informazioni sull'origine e l'organizzazione dei genomi degli organismi viventi. In particolare, si è visto che i genomi eucariotici contengono grandi quantità di DNA ripetuto, spesso derivato da elementi trasponibili (TEs). Negli ultimi anni, numerosi studi condotti in tale ambito hanno portato alla identifi cazione di nuovi elementi trasponibili, fra cui gli Elitroni. Questa nuova famiglia di DNA-trasposoni comprende elementi caratterizzati da una particolare modalità di replicazione a rolling-circle. Gli Elitroni posseggono, infatti, una open reading frame, in grado di codifi care per un polipeptide contenente alcuni domini specifi ci per la replicazione a circolo rotante, tipica di alcuni plasmidi batterici e di alcune famiglie di virus: il Rep (rolling-circle replication initiatior) ed un dominio per la DNA elicasi. L'idea che gli Elitroni abbiano svolto un ruolo importante nell'evoluzione dei genomi, suggerita della loro capacità di catturare i geni dell'ospite, ci ha indotto a ricercare tali elementi nel genoma di un orgamismo molto interessante per la storia evolutiva dei vertebrati, quale la Latimeria menadoensis, una sorta di "fossile vivente", appartenente all'ordine Coelacanthiformes, con lo scopo di ottenere nuovi dati molecolari per una più precisa defi nizione dei rapporti fi letici che intercorrono tra queste specie e quelle che hanno dato vita ai tetrapodi. Indagini preliminari ci hanno permesso di isolare un frammento di Elitrone dal genoma di Latimeria menadoensis. Ulizzando oligonucleotidi disegnati sulla regione più conservata di questi elementi trasponibili, abbiamo isolato un frammento di circa 800bp la cui sequenza ha un'elevata percentuale di identità con quelle di altri due Elitroni depositati in banca dati: Danio rerio hel5 (70%) e Xiphophorus maculatus hel (65%). Il frammento clonato ricade nella regione del Rep Domain, la quale risulta altamente conservata anche in specie molto distanti da un punto di vista fi logenetico.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
